Есть ли разница при оформлении работника на работу предприятием, использующим общую систему налогообложения, и единоналожником?

Ни оформление трудовых отношений, ни форма и система оплаты труда, ни налогообложение заработной платы наемных работников не зависят от системы налогообложения работодателя.

То есть предприятия, находящиеся как на общей системе налогообложения, так и на упрощенной, оформляют работников, выплачивают им заработную плату и производят начисление (удержание) налогов и сборов в одинаковом порядке.