В случае если аттестация не проводилась, но предприятие осуществляет выплаты компенсаций и предоставления гарантий работникам (дополнительные отпуска, повышение оплаты труда, спецодежда и т. д.), во время проверки могут возникнуть вопросы о правомерности таких выплат (если работодатель находится на бюджетном финансировании), а также проблемы налогообложения таких выплат.

Если предприятие не проведет аттестацию и не предоставит работникам надлежащие гарантии и компенсации, то работник может обратиться в суд и требовать возмещения материального и морального ущерба. В таком случае отсутствие проведения аттестации не только не спасет работодателя от ответственности, но и наоборот станет доказательством его вины.

Непроведение аттестации рабочих мест является нарушением законодательства об охране труда. Нарушитель — руководитель предприятия — может быть привлечен к административной ответственности в виде уплаты штрафа.